WCS works in partnership with governmental institutions, non-governmental organizations, as well as community organizations, among the partners highlighted in Honduras are:
- Instituto de Conservación y Desarrollo Forestal, Áreas Protegidas y Vida Silvestre de Honduras (ICF)
- Fiscalía Especial del Medio Ambiente de Honduras (FEMA)
- Comando de Apoyo al Manejo de Ecosistemas y Ambiente (C9) - Fuerzas Armadas de Honduras.
- One Earth Conservation (OEC)
- Fundación para la Investigación y Conservación de los Ecosistemas y la Biodiversidad (INCEBIO)
- Concejo Territorial de BAKINASTA
- Concejo Territorial de DIUNAT
- Concejos Comunitarios de Mabita y Rus Rus.
In Nicaragua we collaborate with the Indigenous Territorial Governments of the Upper Wangki, in the indigenous territories of Miskito Indian Tasbaika Kum, Kipla Sait Tasbaika and Mayagna Sauni Bu. Also with the Universities URACCAN and BICU.