WCS trabaja en conjunto con instituciones gubernamentales, organizaciones no gubernamentales, así como, organizaciones comunitarias, entre los socios destacados en Honduras se encuentran:
En Nicaragua colaboramos con los Gobiernos territoriales indígenas del Alto Wangki, en los territorios indígenas de Miskito Indian Tasbaika Kum, Kipla Sait Tasbaika y Mayagna Sauni Bu. También con las Universidades URACCAN and BICU.