WCS trabaja en conjunto con instituciones gubernamentales, organizaciones no gubernamentales, así como, organizaciones comunitarias, entre los socios destacados en Honduras se encuentran:
- Instituto de Conservación y Desarrollo Forestal, Áreas Protegidas y Vida Silvestre de Honduras (ICF)
- Fiscalía Especial del Medio Ambiente de Honduras (FEMA)
- Comando de Apoyo al Manejo de Ecosistemas y Ambiente (C9) - Fuerzas Armadas de Honduras.
- One Earth Conservation (OEC)
- Fundación para la Investigación y Conservación de los Ecosistemas y la Biodiversidad (INCEBIO)
- Concejo Territorial de BAKINASTA
- Concejo Territorial de DIUNAT
- Concejos Comunitarios de Mabita y Rus Rus.
En Nicaragua colaboramos con los Gobiernos territoriales indígenas del Alto Wangki, en los territorios indígenas de Miskito Indian Tasbaika Kum, Kipla Sait Tasbaika y Mayagna Sauni Bu. También con las Universidades URACCAN and BICU.