Actualmente el programa Binacional de WCS Honduras-Nicaragua, se encuentra desarrollando proyectos enfocados en la conservación y protección de los bosques y biodiversidad en la Moskitia; y de manera particular en temas como la conservación y protección de las playas de anidación de la Tortuga Carey (Eretmochelys imbricatta), en los Cayos Perlas, ubicados en el Atlántico de Nicaragua, y en ambos países acciones en pro del mejoramiento de la calidad de vida de las poblaciones indígenas, el fortalecimiento de las organizaciones comunitarias indígenas conservación y protección de sus bosques. En Honduras, además , WCS está colaborando con organizaciones locales en protección de la población silvestre más grande del país de Guara Roja (Ara macao) y ha iniciado trabajos para apoyar el monitoreo de arrecifes, peces, tiburones y rayas.