WCS en Honduras y Nicaragua, desarrolla actividades principalmente en uno de los cinco bosques más grandes de Mesoamérica conocido como La Moskitia o el corazón del Corredor Biológico Mesoamericano. El bosque de La Moskitia es una región que atraviesa Honduras y Nicaragua y tiene una gran biodiversidad de flora y fauna. La existencia de La Moskitia es muy importante para asegurar la riqueza genética de los bosques tropicales mesoamericanos.
La Moskitia engloba las mayores reservas del Sistema Nacional de Áreas Protegidas de Honduras (SINAPH), estas son:
- Reserva del Hombre y de la Biosfera del Río Plátano.
- Reserva de la Biosfera Tawahka-Asangni.
- Parque Nacional Warunta.
- Parque Nacional Patuca
En Nicaragua, las áreas protegidas del Sistema Nacional de Áreas Protegidas (SINAP), ubicadas dentro de la región son:
- Reserva de la Biosfera de Bosawas.
- Parque Nacional Cerro Saslaya
- Refugio de Vida Silvestre Cayos Perlas.
WCS ha comenzado a realizar actividades en la costa norte de Honduras con el principal objetivo de contribuir a la conservación de los recursos marinos y costeros del país.
