La misión del programa es conservar los bosques de La Moskitia de Honduras a través de la ciencia, acciones de conservación y aplicación de la ley y el fortalecimiento de los medios de vida de las comunidades indígenas y rurales habitantes de estos bosques; así como la asistencia técnica y logística a las autoridades encargadas del manejo de las Áreas Protegidas y de la aplicación de la legislación ambiental.
Para realizar esta misión, WCS en Honduras se ha enfocado en años recientes en estrechar la colaboración con el Instituto de Conservación Forestal, Áreas Protegidas y Vida Silvestre (ICF), con los Consejos Territoriales indígenas Miskitos en donde WCS tiene presencia y con otras agencias del Gobierno de Honduras encargadas de la aplicación de la ley; mediante una estrategia de “más botas en el terreno”; que permita mejorar la gobernanza en los territorios de la Moskitia, establecer el imperio de la ley y lograr un mejor manejo de los Recursos Forestales y Biodiversidad a Nivel de Paisaje.
Promovemos alternativas económicas sostenibles a la ganadería extensiva en áreas protegidas que es la responsable principal de la deforestación en la Moskitia; tales como sistemas agroforestales; especialmente con cacao bajo sombra, así como otras técnicas de manejo de fincas que permitan generar ingresos a las comunidades indígenas.